Час аналізу значно скорочено приблизно з години до кількох хвилин завдяки новому методу RTF-EXPAR, який використовує підхід без зворотної транскриптази (RTF) для перетворення РНК в ДНК потім EXPAR (реакція експоненціального підсилення) для ампліфікації при одній температурі.
Контроль швидкості COVID-19 поширення вимагає точної та швидшої стратегії тестування на віруси. RT-PCR (полімеразна ланцюгова реакція зворотної транскриптази), найточнішим методом тестування, який зараз використовується, є двоетапний тест, який займає приблизно 60 хвилин на зразок.
Дослідники з Університету Бірмінгема повідомили про новий метод виявлення SARS-CoV-2. Це може забезпечити набагато швидше тестування і є достатньо чутливим.
Виявлення вірусної РНК шляхом RT-PCR (Полімеразна ланцюгова реакція зворотної транскриптази) включає перетворення вірусної РНК в комплементарну ДНК (кДНК) з наступною ампліфікацією кДНК за допомогою кількісної ПЛР (qPCR). Потім кДНК визначають за допомогою флуоресцентного барвника. Це займає до години.
Час аналізу значно скорочено приблизно з години до кількох хвилин завдяки новому методу RTF-EXPAR, який використовує підхід без зворотної транскриптази (RTF) для перетворення РНК у ДНК потім EXPAR (реакція експоненціального підсилення) для ампліфікації при одній температурі. Ампліфікація, що відбувається при одній температурі, є ключем до швидкості, оскільки вона дозволяє уникнути тривалих етапів нагрівання та охолодження RT-PCR. Крім того, ділянка ДНК, що ампліфікується, менша порівняно з RT-PCR. Таким чином, EXPAR генерує до 108 ниток продукту ДНК за кілька хвилин. Утворення дуплексу контролюється, як і в методі RT-PCR, з використанням флуоресцентного барвника SYBR Green.
Цікаво, що новий метод можна модифікувати для виявлення кількох інших інфекційних захворювань, спричинених РНК-вірусами, наприклад Ебола, RSV тощо.
Джерела:
Картер та інші (2020). Виявлення РНК SARS-CoV-5 за 2 хвилин за допомогою реакції експоненціального ампліфікації без зворотної транскриптази, RTF-EXPAR. Препринт. Опубліковано в medRxiv Опубліковано 04 січня 2021 р. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.12.31.20248236
***
